Το Λαογραφικό Μουσείο και Αρχείο στεγάζεται στον παλαιό χώρο του Σπουδαστηρίου Λαογραφίας (κυψέλη 734 στον έβδομο όροφο), με το οποίο είναι άρρηκτα συνδεδεμένο. Ξεκίνησε τη λειτουργία του το 1965 ως «Αρχείο Χειρογράφων Πρωτογενούς Λαογραφικής Ύλης» με προσηρτημένη «Λαογραφική Μουσειακή Συλλογή». Σήμερα αριθμεί 4.000 περίπου χειρόγραφα λαογραφικού υλικού από διάφορα μέρη της Ελλάδας, από την Κύπρο και από την ελληνική διασπορά που αφορούν καταγραφές διαφόρων εκφάνσεων του ελληνικού λαϊκού πολιτισμού στο γλωσσικό ιδίωμα των πληροφορητών τους. Οι χειρόγραφες αυτές συλλογές, έχουν υποβληθεί από φοιτητές και φοιτήτριες της Φιλοσοφικής Σχολής ως εργασίες στα μαθήματα της Λαογραφίας, ενώ 1.303 συλλογές χειρογράφων έχουν ψηφιοποιηθεί και είναι διαθέσιμες σε ερευνητές μέσα από το Ολοκληρωμένο Σύστημα Ψηφιακής Βιβλιοθήκης “Πέργαμος”. Επιστήμονες από την Ελλάδα και το εξωτερικό συμβουλεύονται τακτικά το σημαντικό αυτό αρχείο που είναι το δεύτερο σε μέγεθος Αρχείο λαογραφικού υλικού στην Ελλάδα.
